猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）是引发我国猪腹泻病的主要病原之一，与许多冠状病毒相似，PDCoV形成了多种逃逸宿主细胞天然免疫应答的策略，以完成自身在细胞内的复制。研究表明，宿主细胞内源性非编码RNA能够通过调控细胞天然免疫应答、细胞凋亡、线粒体损伤等途径参与多种冠状病毒的致病过程，但其是否参与对PDCoV致病机制的调控尚不清楚。
近日，市农科院院
畜牧所畜禽疫病防控创新团队鄢明华研究员课题组在《BMC Genomics》（中科院二区SCI，影响因子4.547）在线发表了题为“Identifcation and?integrated analysis of?lncRNAs and?miRNAs in?IPEC-J2 cells provide novel insight into?the?regulation of?the?innate immune response by?PDCoV infection”的学术论文。该研究基于全转录组测序技术从非编码RNA角度对PDCoV的致病机制展开探索，并发现了两个能够显着抑制PDCoV复制的miRNA，从非编码RNA调控角度为PDCoV致病机制的研究提供了理论依据。市农科院
畜牧所助理研究员江珊为论文第一作者，中国农业科学院哈尔滨兽医研究所冯力研究员和市农科院
畜牧所鄢明华研究员为论文共同通讯作者。
该研究构建了PDCoV感染猪肠道致病靶细胞IPEC-J2不同时间点的细胞模型，利用全转录组测序技术获得了细胞模型中的lncRNA、miRNA和mRNA表达谱。通过生物信息学分析，筛选出PDCoV感染所致表达量发生显着变化的lncRNA（DElncRNA）、miRNA（DEmiRNA）和mRNA（DEmRNA），从DEmRNA中预测了DElncRNA和DEmiRNA的靶基因，并分析了相关靶基因显着富集的GO功能和KEGG信号通路。基于以上发现，该研究重点揭示了DElncRNA和DEmiRNA在PDCoV感染细胞过程中主要调控的天然免疫应答相关靶基因、功能和信号通路，并以具有天然免疫应答相关靶基因的DEmiRNA为核心构建了表达调控网络，为进一步揭示非编码RNA参与PDCoV逃逸天然免疫应答的致病机制提供理论依据。此外，该研究构建了天然免疫应答相关miRNA的过表达模拟物和沉默模拟物，通过细胞转染等实验发现miR-30c-3p和miR-374b-3p对PDCoV的复制具有显着抑制作用，这一发现为今后以miRNA为基础研究PDCoV疫苗和病毒药物奠定了理论基础。
该研究得到中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室开放课题基金（SKLVBF202113）、天津市生猪产业技术体系创新团队猪病毒病防控岗位项目（ITTPRS2021003）的支持。
